农坝镇地势北高南低。全镇海拔自600米逐步上升至1800余米，北部云峰山野猪槽海拔1809米，为云阳县的最高点。地势以山坡、丘陵为主，间以少量平坝。中心、龙堰、红光、居委、幸福等村地势多为石灰岩层，保水蓄水能力差。全镇除幸福村大岩洞滑坡外，无明显的地质灾害迹象。 农坝镇属县内高寒地区，四季分明，雨量适中，常年平均气温18℃，年降雨量1288毫米，无霜期260天。全镇高山立体气候明显，空气清新，是高山伏调蔬菜的优质种植基地。